مهمترین مسئله در احداث باغ برای ارقام پسته متفاوت، انتخاب پایه مناسب می‌باشد. زیرا ریشه درخت پسته متعلق به پایه آن می‌باشد و قسمتی از ساقه که پیوندک روی آن قرار می‌گیرد و تاج تشکیل می‌شود مربوط به پایه بوده و نقش موثری در میزان محصول، جذب عناصر غذایی، زودرس بودن، مقاوم بودن به بیماری‌ها و انطباق با شرایط آب و هوایی دارد. انتخاب پایه مناسب سبب می‌شود مقابله با بیماری‌هایی مانند گموز و نماتد مولد غده آسان‌تر شود و همچنین عملکرد بالا رفته و سطح زیر کشت گیاه هم بیشتر شود.
پایه‌های مورد استفاده در ایران از نوع بذری می‌باشند و گونه غالب آن پسته اهلی (pistachio vera) است. انواع ژنتیکی مختلفی از گونه پسته اهلی در ایران وجود داشته که فنوتیپ های زیادی دارند. رشد گونه پسته اهلی زیاد بود و پیوندک تمام ارقام روی آن سازگار است، اما به بیماری‌های پسته همانند گموز یا شیره سیاه پسته و نماتد مولد غده ریشه پسته، حساس می‌باشد. پایه مقاوم به خشکی و کم‌آبی، پایه چاتلانقوش می‌باشد و پایه مقاوم به نماتد مولد غده ریشه، پایه بنه است. استفاده از پایه مناسب سبب افزایش عملکرد پسته می‌گردد. همانطور که ذکر شد اغلب پایه‌های ایران منشعب از پسته اهلی هستند.
پایه پسته مناسب شوری
در مقاومت به شوری، پایه سرخس مقاوم‌ترین و پایه قزوینی حساس‌ترین می‌باشند. و در شرایط آب و خاک شور بهتر است از پایه سرخس و بادامی زرند استفاده شود. کاهش میزان رشد و جوانه‌زنی ارقام پسته در شوری‌های زیاد مشاهده می‌شود.
بیشترین عملکرد میان پایه‌های پسته
در میان پایه‌های مختلف ارقام پسته، بیشترین عملکرد در پایه بادامی و کمترین عملکرد در پایه بنه مشاهده شده است، همچنین موسسه تحقیقات پسته کشور اعلام کرده است بیشترین بازده را ترکیب پایه بادامی و پیوندک احمدآقایی و پایین‌ترین بازده را ترکیب پیوندی کله‌قوچی با پایه بادامی دارد.
مهمترین پایه‌های درخت پسته در ایران
انتخاب پایه از مهمترین مسائلی است که در زمان احداث باغ پسته باید به آن توجه شود. هر چند که تمامی پیوندک‌های ارقام پسته می‌توانند بر روی گونه‌های مختلف آن پیوند شوند، با این وجود در ایران از ۳ گونه پسته اهلی (P. vera)، خینجوک (P. khinjuk) و بنه (P. mutica) به عنوان پایه پسته استفاده می‌شود.
در بیش از ۹۹ درصد باغ‌های پسته از گونه اهلی به عنوان پایه استفاده شده است. این گونه در مناطق مختلف ایران دارای تنوع ژنتیکی و فنوتیپی بسیار زیادی است. رشد اولیه آن زیاد و با پیوندک‌های ارقام مختلف به خوبی سازگاری دارد ولی به نماتد مولد غده ریشه، گموز و ورتیسیلیوم حساس است. پایه بنه به عنوان یکی از پایه‌های مقاوم به نماتد مولد غده ریشه پسته و چاتلانقوش (خینجوک) به عنوان پایه‌ای مقاوم به خشکی و کم آبی شناخته شده است.
از مهمترین پایه‌های گونه (اهلی) که استفاده از آن‌ها امروزه در باغات عمومیت بیشتری دارند می‌توان به پایه‌های بادامی ریز زرند و بادامی ریز و قزوینی اشاره کرد.
پایه‌های بادامی ریز زرند، بادامی ریز و قزوینی مقاومت بالایی نسبت به شوری دارند در حالیکه پایه‌های خینجوک و بنه به تنش شوری بسیار حساس هستند.
پایه‌های پسته در سایر نقاط جهان
از پایه های p.atlantica و p.terebintus و p.integrrima و UCB1 و PGI و PGII در سایر کشورهای جهان استفاده می‌شود.
متداول‌ترین پایه مورد استفاده در کالیفرنیا p. atlantica است؛ زیرا مقاوم‌ترین پایه به سرما می‌باشد. اما این پایه حساس‌ترین به بیماری ورتیسلیوم در ارقام پسته است و در سال‌های اخیر به دلیل زیاد شدن این بیماری از پایه‌های دیگر استفاده می‌شود.
UCB1 از هیبرید دو گونه p. atlantica و p.integrrima بدست آمده است و ارقام پسته پیوند داده شده را نسبت به قارچ‌های ورتیسلیوم، فایتوفترا (عامل گموز) و نماتد مقاوم می‌کند. این پایه هیبریدی سرعت رشد بیشتری نسبت به پایه‌های دیگر دارد. میزان محصول این پایه نسبت به پایه‌های دیگر در آمریکا حدود ۴۰ درصد بیشتر است، اما در مناطق با آب و خاک شور محصول اقتصادی تولید نمی‌کند، بنابراین برای مناطق شور مناسب نیست و در مناطق کم‌آب هم محصول مناسبی تولید نمی‌کند.
مشخصات برخی ارقام پسته آمریکا (برگرفته از کتاب پسته خانم فرگوسن)
* بالا
** متوسط قوی
*** متوسط ضعیف
****پایین
